《魔笛奇遇记》讲述了一个充满悬念的少年英雄冒险的故事，美国加利福尼亚威尼斯海滩上的一个十几岁的普通男孩，由于偶然的机会，成为了一份可怕遗产的继承人，这份遗产是一支已经沉睡了3000年并具有无限魔力的笛子。
贾斯廷发现这支遗失于3000年前的笛子时，根本没有想到这会永远改变他的年轻生活。他和他朋友们的生活中卷入了一群神奇生灵，它们听从贾斯廷笛声的召唤，飞过天空飘过海洋，来执行他们年轻的笛子主人的命令。海滩上、滑板道上出现了许多翼手龙、海蛇和凤凰、海马。魔法师、皇帝和公主也从三千年的沉睡中醒来，继续他们自远古起就开始的对魔笛的争夺。现在这支笛子属于贾斯廷，但魔法师要不惜一切代价偷到它。在贾斯廷和魔法师的争夺中，整个世界变为善良魔力和邪恶巫术的竞技场。他们的争夺被表现为引人入胜的视觉效果，轻松欢快的幽默和吊人胃口的惊险场面。