大家一起歼灭了皮下真率领的犯罪组织「蒲公英」，「夜樱前线」顺利成功，接着还一并举办了太阳与六美的婚宴，夜樱家迎来了安稳的日常生活……
然而却冒出了新任务？
某天，太阳在梦中与夜樱家初代当家夜樱蕾进行对话。她表示为了达成「杀了我」的这个愿望，有两个不可或缺的事物。听从蕾说的话，为了接触掌握关键的皮下，太阳要挑战银级特务考试，但是有传言指「今年不会有任何人合格」，最凶狠的考官们正在等着他！
然后露出无畏笑容，六美她们的父亲夜樱百终于动了起来，身上带有重重谜团的他，究竟有何目的？
各式各样的事件降临在夜樱家！
家人之间的关系遭受考验！
电视动画『夜樱家的大作战』的新章，作战开始！